合作医疗（如新农合）参保人员在异地三甲医院就医时，是否可以报销以及报销比例和流程，需要根据以下因素来判断：

1. 异地就医备案

• 备案的重要性：参保人员在进行异地就医前，需要先办理异地就医备案手续。未备案的情况下，异地就医的医疗费用通常无法直接结算，只能自费后回参保地报销，且报销比例可能降低。
• 备案方式：可以通过国家医保服务平台APP、国家异地就医备案小程序、国务院客户端小程序或参保地医保经办机构窗口进行备案。备案成功后，参保人员可在就医地的跨省联网定点医疗机构直接结算医疗费用。

2. 三甲医院报销比例

• 门诊报销：在三级医院（如三甲医院）门诊就医时，报销比例通常为20%。每次就诊的检查费和手术费有一定的限额，例如检查费限额200元，手术费超过1000元的按1000元报销。
• 住院报销：在三级医院住院时，报销比例一般为30%。报销范围包括药费、检查费（如CT、核磁共振等）以及手术费等。

3. 报销流程

• 直接结算：备案成功后，参保人员在三甲医院就医时，可以直接使用医保进行结算，只需支付个人自付部分。
• 异地就医未备案：如果未备案，就医后需携带相关材料（如身份证、医保卡、医疗费用清单、发票等）回参保地医保部门办理报销手续。

4. 注意事项

• 医院资质：确保所就医的三甲医院为医保跨省联网定点医疗机构，否则可能无法直接结算。
• 地区差异：不同地区的报销政策可能存在差异，具体报销比例和流程需以参保地政策为准。
• 急诊特殊情况：异地急诊抢救人员可视为已备案，无需额外办理。

5. 总结

• 如果参保人员已完成异地就医备案，在三甲医院就医后可以直接使用医保结算，报销比例和流程以备案地政策为准。
• 如果未备案，需自费后回参保地报销，且报销比例可能降低。
• 建议在就医前，通过国家医保服务平台或当地医保部门了解详细的报销政策和备案流程，确保顺利享受医保待遇。

希望以上信息能帮助您清晰了解合作医疗异地就医在三甲医院的报销政策！如需进一步了解，可参考国家医保局或当地医保部门发布的具体政策文件。