农合在三甲医院做手术的报销比例因地区而异，但通常遵循一定的标准。以下是根据搜索结果整理的信息：
住院报销比例
1000元以下的部分：报销比例为20%。
1000元至10000元之间的部分：报销比例为45%。
10000元以上的部分：报销比例为40%。
手术费报销
手术费起付线：1000元内按照法定标准报销，超过1000元按照1000元报销。
起付线
起付线：通常设定在700元至1000元之间，具体金额因地区而异。
报销流程
就诊时出示证件：患者在三甲医院就诊时，需出示农村合作医疗证或其他有效证件。
医院提供医疗服务：医院根据患者的病情和治疗需求提供医疗服务。
结算时扣除报销费用：结算时，医院会根据新农合的报销比例和规定，直接从患者的合作医疗账户中扣除应报销的费用。
患者支付个人承担部分：患者只需支付个人承担的部分费用，对于合作医疗不报销的费用，患者则需自行承担。
注意事项
地区差异：由于地区差异，报销比例和起付线可能存在细微差别，具体的报销比例和政策请参照各省市发布的相关文件和公告。
报销限额：每年还设有最高报销限额，具体限额因地区而异。
建议在就医前咨询当地的新农合管理部门或医院，了解具体的报销政策和流程。