清华大学深圳研究生院（以下简称“深研院”）与清华大学本部（以下简称“本部”）之间存在一些明显的区别，主要体现在以下几个方面：
- 专业设置 ：
-
深研院 ：不设置语言文学类、马克思主义理论、教育学、公共管理专业。
-
本部 ：设置这些专业。
- 教学侧重 ：
-
深研院 ：侧重于课题和实习课的教学。
-
本部 ：侧重于理论课程的教学。
- 地理位置 ：
-
深研院 ：位于深圳市。
-
本部 ：位于北京市。
- 发展历史与性质 ：
-
深研院 ：是深圳市政府和清华大学于1996年共建的，以企业化方式运作的事业单位，双方各占50%股份，实行理事会领导下的院长负责制。
-
本部 ：是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学。
- 培养标准与毕业证书 ：
-
深研院 ：学生采用和本部同等的培养标准，颁发一模一样的毕业证书。
-
本部 ：同样颁发清华大学毕业证书。
- 生活与住宿 ：
-
深研院 ：学生一般全程在深圳培养，不安排校本部住宿，但法律硕士、集成电路工程领域硕士、大数据工程硕士除外。
-
本部 ：学生一般安排在校本部住宿。
- 研究方向与产业结合 ：
-
深研院 ：结合清华大学学科优势和深圳市的产业需求，主要聚焦于创新前沿的研究方向，如材料科学、信息科技等。
-
本部 ：专业设置更为全面，涵盖了人文社科、理工科等多个领域。
- 招生与录取 ：
-
深研院 ：招生项目相对较少，以专硕为主，且更集中在清华大学优势学科上。
-
本部 ：招生项目较多，覆盖更多学科领域。
综上所述，虽然深研院是清华大学的一部分，但在专业设置、教学侧重、地理位置、发展历史与性质、培养标准与毕业证书、生活与住宿、研究方向与产业结合以及招生与录取等方面存在明显的区别。深研院更侧重于应用型研究和实践机会，而本部则更注重理论课程的教学和培养具有深厚理论基础的人才。
