合作医疗异地就医报销比例因地区、就医机构级别、是否办理转诊备案等因素而有所不同，以下是具体介绍：
住院报销
已办理转诊手续 ：一般按参保地规定的本地就医时的标准执行，如一级医疗机构报销比例可达 90% 左右，二级医疗机构报销比例可达 80% 左右，三级医疗机构报销比例可达 60% 左右。亳州市已办理转诊手续的省外就医报销比例为 60%。
未办理转诊手续 ：通常报销比例会有所降低。亳州市未办理转诊手续的省外就医报销比例为 50%；齐齐哈尔市自行异地就医的城乡居民基本医疗保险支付比例在参保地原住院报销政策基础上降低 30%。
门诊报销
普通门诊 ：部分地区异地就医普通门诊费用可直接结算，报销比例一般在 50% 左右，具体以当地政策为准。
慢性病门诊 ：参保居民通过慢性病认定后，发生的符合规定的门诊慢性病医疗费用不设起付线，基本医疗保险统筹基金支付比例为 70% 左右。
特殊疾病门诊 ：部分地区将治疗周期长、对健康损害大、费用负担重的慢性病、特殊疾病门诊费用纳入基金支付范围，具体报销比例和限额以当地政策为准。
大病保险报销
起付线以上费用按 60% 左右支付，最高限额部分地区可达 25 万元，有的地区已提升至 55 万元。亳州市对符合国家《罕见病目录》病种的患者，在省外发生的合规罕见病药品费用，已办理转诊手续的大病保险各段报销比例下降 10%，未办理转诊手续的大病保险各段报销比例下降 20%。
