阿克苏地区中医医院成立于2015年7月，2020年1月由晶水路39号院区搬迁至虹桥路10号院区；2021年11月将原康宁医院院区划转给地区中医医院。医院现有虹桥路院区和康复院区，占地总面积227.5亩，建筑总面积7.5万㎡，是一所集医疗、科研、教学、康复、预防保健为一体的三级综合性中医医院，也是南疆五地州唯一一所三级公立中医综合医院。
医院承担着全国中医类实践技能考试任务、自治区“西学中”实践技能培训、中医专科联盟、中医适宜技术等中医推广基地，还是陕西、江西中医药大学等临床教学基地。2021年1月，医院顺利通过自治区卫健委三级中医医院等级评估工作，成功创建三级中医医院；2022年医院在全疆三级中医类医院绩效考核CMI值排名中位列第四位。
医院现有编制床位600张，开放床位725张，在院职工491人，其中专业技术人员432人，初级职称303人，中级职称82人，高级职称46人，地区托峰英才3人。医院党委下设党支部7个，现有党员149名，其中预备党员29名，退休党员20名，女性党员88名，少数民族党员21名。
医院设有行政职能科室20个，医技科室6个，临床科室23个，其中中医骨伤科、中医康复科为自治区级重点专科，中医妇科、中医肺病科、中医骨伤科、针灸推拿康复科、中医心病科、中医内分泌科、中医护理学和老年医学科等为地区级重点专科，诊疗中心1个（中医诊疗中心）。
阿克苏地区中医医院充分发挥中医药独特优势，应用现代科学技术，走中西医结合发展道路。
