医疗保险自己交和公司交存在以下明显区别：
- 缴费主体与基数 ：
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自己交 ：如果你是灵活就业人员，缴费基数通常可以在几个档次中选择，一般是按照当地工资的一定比例确定，如60%、80%、100%等。养老保险和医疗保险两险一般由自己全额承担，养老保险缴费比例一般在20%左右，医疗保险缴费比例各地不同，一般在4% - 10%左右。
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公司交 ：用人单位和职工共同承担，用人单位承担大部分费用，职工承担一小部分。缴费基数一般是根据职工上一年度月平均工资确定，但有上下限规定。养老保险单位缴费比例一般为16%左右，职工个人缴费比例为8%；医疗保险单位缴费比例在6% - 10%左右，职工个人缴费比例为2%左右。
- 险种不同 ：
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自己交 ：灵活就业人员一般只能缴纳养老保险和医疗保险两险，部分地区也可以选择缴纳失业保险，但工伤保险和生育保险无法自行缴纳。
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公司交 ：必须缴纳五险：养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 缴费比例 ：
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自己交 ：医疗保险全部由自己承担，缴费比例各地不同，一般在4% - 10%左右。
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公司交 ：医疗保险单位缴费比例在6% - 10%左右，职工个人缴费比例为2%左右。
- 强制性 ：
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自己交 ：灵活就业人员是自愿的，可以自己选择要不要缴社保，没有强制性。
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公司交 ：单位必须给员工缴社保，这是法律规定。
- 保障水平和待遇 ：
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自己交 ：个人缴纳的医疗保险通常只能达到当地医疗保险的最低水平，保障范围和报销比例相对较低。
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公司交 ：单位缴纳的医疗保险通常比个人自行缴纳的医疗保险标准要高，员工可以享受到更全面的医疗保障和更高的报销比例。
- 参保地 ：
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自己交 ：可以灵活就业人员身份参加城乡居民保险或者新农保和新农合等，但必须到户籍所在地缴纳和办理退休。
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公司交 ：必须在单位所在地缴纳，与员工户口所在地没有关系，但退休后根据户口所在地的政策办理退休手续。
综上所述，自己交和公司交的医疗保险在缴费主体与基数、险种、缴费比例、强制性、保障水平和待遇以及参保地等方面存在明显区别。建议根据自身实际情况选择合适的缴费方式，以确保获得充分的医疗保障。