基础医学不能当医生的原因主要有以下几点：
培养目标不同
基础医学：基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
临床医学：临床医学是研究疾病的病因、诊断、治疗和预后，提高临床治疗水平，促进人体健康的科学。它根据病人的临床表现，从整体出发结合研究疾病的病因、发病机理和病理过程，进而确定诊断，通过预防和治疗以最大程度上减弱疾病、减轻病人痛苦、恢复病人健康、保护劳动力。
课程设置差异
基础医学：基础医学的课程设置侧重于基础理论知识和实验技能的培养，如人体解剖学、组织胚胎学、细胞生物学、生理学、神经生理学、生物化学与分子生物学、医学遗传学、微生物学与免疫学、病理学、药理学等。
临床医学：临床医学的课程设置涵盖了基础医学和临床医学的各个领域，包括人体解剖学、组织学与胚胎学、生理学、生物化学、病理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、耳鼻喉科学、口腔科学、皮肤病学、精神病学、传染病学等，还有一年的临床实习期。
考试资格限制
执业医师资格考试：依据《中华人民共和国执业医师法》相关规定，基础医学类毕业生不具备报考执业医师资格考试的资格。
临床医学：临床医学专业的毕业生可以报考执业医师资格考试，获得执业医师资格证书后，才能正式上岗。
就业方向不同
基础医学：基础医学专业的毕业生主要在研究所、生物技术公司、医药院校和医药公司等从事基础医学各学科的教学、科研研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作。
临床医学：临床医学专业的毕业生主要在医院、医疗卫生科研和出版单位、高等医学院校、国家卫生行政部门等从事临床医疗、科研、教学和管理工作。
综上所述，基础医学专业由于其培养目标、课程设置、考试资格和就业方向等方面的特点，决定了其毕业生不能直接从事临床医疗工作，即不能当医生。