农村合作医疗门诊检查费的报销流程和比例因地区而异，但一般流程如下：
报销流程
就诊：在门诊就诊时，需向医生说明自己是农村合作医疗参保人员，并索取门诊发票和处方。
缴费：缴纳自己应付的费用。
报销申请：到当地的合作医疗经办机构（通常是乡镇卫生院或村卫生室）进行门诊报销申请，携带身份证、农村合作医疗证、门诊发票、处方和缴费收据等材料。
审核：经办机构会对申请材料进行审核。
领取报销款：审核通过后，报销款项会打入申请人的银行卡中，或者可以到银行或社区服务中心领取。
报销比例
村卫生室：报销比例通常为60%左右，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院：报销比例为40%左右，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院：报销比例为30%左右，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院：报销比例为20%左右，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
注意事项
门诊报销一般是在就诊后的7天内进行申报，超过7天则无法报销。
报销比例和限额因地区而异，具体以当地政策为准。
报销时需携带完整的申请材料，否则会影响报销效果。
建议在报销前咨询当地的农村合作医疗经办机构，了解具体的报销政策和流程。