石河子二医院设有多个临床科室和医技科室，提供全方位的医疗服务。以下是医院的部分科室介绍：
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心血管内科 ：该科室引进了多项先进的诊断与治疗技术，如心脏介入治疗技术，提高了心脏病治疗的成功率，并受到患者的广泛好评。
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神经外科 ：擅长处理复杂脑部手术，技术精湛，多次成功治疗了疑难杂症。
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肿瘤科 ：依托先进的放疗与化疗设备，为患者提供个性化的治疗方案，提高了治疗效果。
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内科 ：包括心脏病科、神经科、消化科等，专业医生提供个性化的诊疗方案。
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外科 ：涉及多个领域，具体科室未详细列出，但医院拥有强大的医疗团队和先进的医疗设备。
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妇产科 ：提供妇科疾病治疗、孕产期保健等服务，配备先进的检查设备和技术。
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儿科 ：为儿童提供专业的医疗服务。
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急诊科 ：提供紧急医疗救援服务。
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整形科 ：成立于1986年，是医院的重点科室，拥有众多技术精湛的整形专家和高配置的医疗设备，提供多种医美项目。
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其他专科 ：包括眼科、耳鼻喉科等，具体科室未详细列出，但医院设有多个临床教研室和医技科室。
石河子二医院作为兵团及自治区范围内的重要医疗机构，不仅在医疗、教学、科研方面有着显著成就，还承担着石河子大学医学院等多所医学院校的教学任务，是多个医疗中心和质量控制中心的所在地。