南方医科大学和首都医科大学都是中国知名的医科大学，各有其优势。以下是它们在不同方面的比较：
- 学科建设 ：
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南方医科大学 ：在基础医学专业方面，南方医科大学在教育部官方学科评估中排在第13位（并列），而首都医科大学排在第20位。此外，南方医科大学拥有10个博士学位授权一级学科和10个博士专业学位授权点，硕士学位授权一级学科有15个，硕士专业学位授权点有15个。
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首都医科大学 ：临床医学、神经科学与行为学、分子遗传学、生化学、社会科学、免疫学、药理学等七个学科在全球排名前1%。临床医学学科进入ESI全球前1%排名，拥有22所临床医学院，其中20所为附属医院。
- 附属医院 ：
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南方医科大学 ：拥有13所直属附属医院，共展开床位13000余张，年诊疗服务1500万余人次。
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首都医科大学 ：拥有22所临床医学院，其中20所为附属医院。
- 学生规模 ：
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南方医科大学 ：全日制本科生14100人，研究生7692人，留学生1012人。
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首都医科大学 ：全日制在校生12895人，其中研究生4966人，本科生5592人，高专高职生1608人，留学生729人。
- 地理位置 ：
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南方医科大学 ：位于广东省广州市白云区沙太南路1023-1063号，顺德校区位于广东省佛山市顺德区容桂街道马岗大道33号。
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首都医科大学 ：位于北京市，具体地址未详细列出。
结论
南方医科大学在基础医学和某些专业领域（如临床医学）有较强的实力，而首都医科大学在多个学科领域（包括临床医学）全球排名靠前，并且附属医院数量更多。两所学校各有优势，具体哪所更强需要根据具体专业和需求来判断。如果重视基础医学和某些专业的研究实力，南方医科大学可能更有优势；如果重视临床医学全球排名和附属医院资源，首都医科大学可能更为突出。