全国最好的消化科医院排名如下：
- 上海交通大学医学院附属仁济医院
- 特点 ：仁济医院消化科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科，拥有强大的科研和教学能力，特别擅长胃食管疾病、肝脏疾病、肠道疾病、胰腺疾病的诊治以及消化道疾病的内镜下治疗。
- 中国医学科学院北京协和医院
- 特点 ：北京协和医院消化内科有着悠久且辉煌的历史，是教育部重点专科和卫生部重点学科，擅长胃肠道疾病、肝胆胰腺疾病以及消化内镜的诊治。
- 海军军医大学第一附属医院（上海长海医院）
- 特点 ：长海医院消化内科形成了多个学科特色，包括消化疾病内镜诊治、胰腺疾病基础与临床研究等，集医疗、教学、科研为一体。
- 空军军医大学西京医院
- 特点 ：西京医院消化内科是原兰州军区消化疾病诊治中心，擅长胃癌的治疗以及消化道内镜的诊治。
- 中国人民解放军总医院（301医院）
- 特点 ：301医院消化内科是中国人民解放军全军消化内科中心，北京市重点学科，亚太消化内镜培训中心等。
- 四川大学华西医院
- 特点 ：华西医院消化内科以诊治胃肠、肝病及胆胰疾病著称，是西南地区消化疑难重症诊治中心，是国家重点学科及卫生部临床重点专科。
这些医院在消化科领域均有很高的声誉和专业水平，具体选择哪家医院就诊，可以根据患者的具体病情和地理位置进行考虑。建议提前预约并咨询相关专家，以获得最佳的医疗服务。