北京消化科最好的医院包括以下几家：
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北京协和医院 ：在2021复旦版医院专科榜中消化内科排名第2，以严谨的学术态度、精湛的医术和全面的诊疗范围著称，拥有一流的内镜中心，特别在炎症性肠病、功能性胃肠病的研究和治疗上处于国内领先地位。
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中国人民解放军总医院（301医院） ：作为军队系统内的大型综合性三甲医院，消化内科实力强劲，在急重症救治、消化系统肿瘤治疗等方面表现出色，特色服务有急诊消化内镜治疗、消化系统肿瘤的多学科协作诊疗（MDT）。
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首都医科大学附属北京友谊医院 ：在2021复旦版医院专科榜中消化内科排名第7，消化内科在肝病治疗方面享有极高声誉，尤其是肝硬化、肝癌的早期诊断与综合治疗。
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北京大学第一医院 ：消化内科历史悠久，在胃肠病、肝胆胰疾病治疗方面有着显著成就，并承担着多项国家级科研项目。
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北京大学第三医院 ：综合实力强劲的三甲医院，消化内科专家团队专业，诊疗技术先进，在消化内科疾病的诊断和治疗方面有着丰富的经验。
这些医院在消化内科领域均有很高的声誉和专业的医疗团队，建议您根据具体病情和需求选择合适的医院进行就诊。