上海复旦儿科（复旦大学附属儿科医院）和上海儿童医院（上海交通大学附属儿童医院）都是上海地区知名的儿科医疗机构，各有其优势。以下是它们的一些比较：
- 历史沿革 ：
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上海儿童医院 ：创建于1937年，是上海资历最老的儿科医院。
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复旦大学附属儿科医院 ：创建于1952年，是在解放后组建起来的。
- 医疗水平 ：
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复旦儿科医院 ：在小儿内科方面具有较强的实力，拥有多个国家重点学科和科研平台，是全国儿科学重点学科和国家“211”、“985”工程建设单位。
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上海儿童医院 ：在小儿外科方面较为出色，尤其是新华医院的小儿外科在全国享有盛誉。
- 地理位置 ：
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复旦儿科医院 ：位于上海市徐汇区万源路399号。
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上海儿童医院 ：位于上海市普陀区泸定路355号。
- 就诊情况 ：
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复旦儿科医院 ：由于知名度高，就诊人数较多，建议提前预约挂号。
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上海儿童医院 ：作为上海最早的儿童专科医院之一，历史悠久，深受患者信赖。
- 专业特色 ：
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复旦儿科医院 ：集医疗、教学、科研、保健、康复于一体，拥有多个重点学科。
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上海儿童医院 ：设有多个特色诊疗中心，专注于儿童心血管疾病的诊治。
建议
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如果主要关注小儿内科问题，复旦儿科医院是较好的选择 ，因为它在小儿内科方面具有较强的实力，并且拥有多个重点学科和科研平台。
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如果主要关注小儿外科问题，尤其是小儿心胸外科等，上海儿童医院的新华医院是更好的选择 ，因为其在小儿外科方面享有很高的声誉。
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如果考虑地理位置和就诊便利性，上海儿童医院可能更为合适 ，因为它位于市中心，交通便利。
根据以上信息，可以综合考虑医院的专业特长、地理位置和就诊需求，选择最适合的医院。