南京三甲医院在全国的排名情况如下：
- 江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院） ：
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在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中位列全国第22位。
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在2022年度三级公立医院绩效考核中居全国第21位。
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在2024年复旦版《中国医院综合排行榜》中仍位列全国第22位。
- 南京鼓楼医院 ：
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在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第35位。
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在2022年度三级公立医院绩效考核中连续三年位列全国第一方阵。
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在2024年复旦版《中国医院综合排行榜》中跃升10名，位居全国第25位。
- 东南大学附属中大医院 ：
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在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第46位。
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在2024年复旦版《中国医院综合排行榜》中位列全国第52位。
- 东部战区总医院 ：
- 在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中未具体列出，但在2024年复旦版《中国医院综合排行榜》中位列全国第43位。
- 江苏省肿瘤医院 、 南京市儿童医院 、 江苏省中西医结合医院 、 南京市妇幼保健院 、 南京市中医院 、 南京市第一医院 、 南京脑科医院 等也被认为是南京地区的重要三甲医院，但它们在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中的具体排名未详细列出。
综上所述，南京三甲医院中在全国排名前三的是江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）、南京鼓楼医院和东部战区总医院。东南大学附属中大医院和南京市儿童医院等也在全国前100名之内。这些医院在医疗技术、科研实力和专科声誉方面均有较高的水平，是南京地区乃至全国的重要医疗机构。
