南京大学医学院在全国的档次可以被认为是 二流至一流水平 。具体来说，它是一所较高水平的医学院校，拥有雄厚的师资力量和丰富的教育资源，并且在全国的排名通常位于前列。

1. 历史背景 ：南京大学医学院前身为中央大学医学院，创建于1935年，1987年重建，是中国教育部直属的第一所综合性大学长学制医学院。

2. 排名情况 ：虽然南京大学医学院是985和双一流A类高校的一部分，但在医学院校中的排名通常不如一些顶尖院校，如北京大学医学部。全国排名大约在20到31名左右。

3. 教育资源 ：南京大学是985和双一流建设重点大学，提供本硕连读和硕博连读等教育项目。医学院拥有雄厚的师资力量，包括中国科学院院士、中国工程院院士以及多名博士生导师和教授。

4. 附属医院 ：南京大学医学院有5所附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，为学生提供良好的实践机会。

5. 科研与教学 ：南京大学医学院注重科研与教学的平衡，在科研方面也取得了显著成就。临床医学ESI排名进入全球前千分之一，全国排名第15位。

6. 就业情况 ：南京大学医学院的毕业生大约有90%能够进入三甲医院工作，就业质量较高。

综合以上信息，可以得出结论：南京大学医学院在医学领域具有较高的声誉和学术实力，尽管与其他顶尖医学院相比可能略有不足，但仍是值得推荐的优秀医学院校。