是的，深圳北大医院（北京大学深圳医院）与北京大学有直接的关系 。
- 合作背景 ：
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深圳北大医院（原名深圳市中心医院）是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院，于1999年8月开业。
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2001年9月，深圳市政府与北京大学签署协议，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，并纳入北京大学医院管理体系。
- 合作内容 ：
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该医院不仅是北京大学的异地合作办医机构，也是中国院-校紧密型合作办医的典范，实现优势互补和双赢发展。
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医院以医、教、研为主体，同时发展健康产业和推行支持保障系统服务社会化为两翼，推行“一体两翼”的经营模式。
- 学术与医疗合作 ：
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深圳北大医院与北京大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道。
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医院与日本东京癌研有明病院、日本独协医科大学病院建立了姊妹医院关系，并与国际知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、麻省总医院、加利福尼亚大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的交流与合作关系。
综上所述，深圳北大医院与北京大学有紧密的合作关系，这种合作不仅体现在医院名称的变更上，还体现在医院的管理、教学、科研以及对外交流等多个方面。
