女性孕酮偏低的影响，如果在非孕期孕酮偏低考虑黄体功能不足，容易引起黄体期出血以及月经周期紊乱，需要进行排卵后的孕激素补充。
对于孕期孕酮偏低更多考虑是妊娠发育不良所导致的结果，可见于胚胎染色体异常，母体内分泌紊乱，例如黄体功能不全、高泌乳素血症、多囊卵巢、甲状腺功能减退所导致的孕酮偏低以及免疫性疾病导致的孕酮降低。
对于孕期出现孕酮偏低，如果进行适当的孕激素补充，妊娠可以继续。但对于某些因素，例如胚胎染色体异常、免疫异常所导致孕酮偏低，补充孕激素并不能起到很好的效果。
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