在怀孕期间引起孕酮低的情况主要有两方面的因素：
第一方面是由于孕酮的分泌不足，有些疾病会导致孕酮分泌减少，例如黄体功能不足、多囊卵巢、高泌乳素血症、甲状腺功能减退等。这种方式引起的孕酮低，可以通过外源性的孕激素补充进行纠正。
第二方面，由于胚胎本身的质量问题可能导致孕酮较低，例如胚胎的染色体异常，染色体异常引起的孕酮降低，在怀孕期间无法进行纠正，孕酮低是胚胎发育不好的结果。在妊娠生理方面，由于孕酮激素分泌有脉冲性释放的特点，在每天的不同时间测量，孕酮的数值会有所不同，所以这种情况出现的孕酮低并不是疾病的因素导致。
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