心内膜炎多数是感染性心内膜炎，是心脏内膜表面出现微生物感染，同时伴有赘生物的形成。
引起心内膜炎常见的病原微生物是链球菌和葡萄球菌。
急性感染性心内膜炎，主要由金黄色葡萄球菌引起；少数是由肺炎球菌、淋球菌、A族链球菌和流感杆菌等导致。
亚急性感染性心内膜炎，最常见的细菌是草绿色链球菌，其次是D族链球菌、表皮葡萄球菌；其他细菌比较少见，真菌、立克次体、衣原体也是非常少见的致病微生物。
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