排尿时尿道刺痛的主要原因，是由各种病原体导致的尿道炎症，又称尿道感染。
常见的致病微生物有淋球菌、支原体和衣原体、大肠杆菌、葡萄球菌、分支杆菌等，各种原因导致的尿道炎通常表现为尿道瘙痒、尿道疼痛，尤其以排尿时尤为明显。
尿道分泌物增多或者尿道流脓，尿道分泌物或尿道的脓液进行致病微生物的培养及检查，可发现微生物的类型，药敏试验可发现致病微生物对何种抗生素治疗敏感，选择敏感抗生素进行治疗是最重要的治疗方式。同时配合适当多饮水，少吃辛辣刺激饮食，通常可获得良好的疗效。
常用的抗感染药物，有头孢菌素类抗生素、喹诺酮类抗生素如氧氟沙星等，以及大环内脂类抗生素如阿奇霉素、红霉素等。
